Las obras consistieron en la ejecución de la excavación y sostenimiento del Túnel de Aduna, formado por un tubo ferroviario de doble vía con una longitud total de 4.718 m, P.K. 0+260 - P.K. 4+978, con una sección de excavación de 120 m2 aproximadamente, siendo la sección libre del túnel de 85 m2. Se realiza también una galería de emergencia de 415 m de longitud, paralela al Túnel de Aduna desde el emboquille del lado de Zizurkil, que entronca con el túnel en el P.K. 3+980, cuya sección es 25 m2.
El túnel atraviesa una alternancia de materiales de origen areniscoso, limolítico, calizo y margocalizo, es decir, zonas tanto de materiales tipo suelo como tipo roca.
El método de excavación se basa en el NATM, utilizando perforación y voladura en terrenos más favorables y mediante medios mecánicos (excavadora prevista de martillo hidráulico) en los terrenos de peor calidad, aplicando sostenimientos basados en hormigón proyectado, bulones y cerchas. Ha sido necesario ejecutar una contrabóveda provisional en avance y ejecutar paraguas de micropilotes cuando el terreno presentaba malas condiciones (tipo suelo).
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